A história da República Checa está fortemente ligada à história da Europa Central, a história de um país que foi unificado no século IX, e que teve no reino da Bohemia uma poder importante. As minas de Ouro eram o principal recurso económico da região.

Os povos eslavos começam a povoar o território da Boémia e da Morávia em finais do século V e no início do século VI, no chamado período da Migração dos Povos. Na primeira metade do século VII regista-se a primeira tentativa bem sucedida para unir as tribos eslavas. O chamado "reino de Samo" resistiu às pressões do poderoso império Avar, com base nas terras baixas da Hungria, e defendeu o seu território contra as forças dos francos ocidentais, embora apenas com êxito parcial.

A cultura do Grande Império da Morávia influenciou consideravelmente o desenvolvimento da cultura e da religião entre os eslavos do leste e do Sul na Idade Média. Em 863, os missionários cristãos bizantinos Constantino e Metódio vieram para a Morávia para introduzir a liturgia eslava. No entanto, a influência da Igreja Católica Romana continuou a expandir-se rapidamente, tornando-se decisiva no rumo tomado pela história da Boémia e da Morávia. No século IX, a Boémia tornou-se o centro dum processo de construção do Estado independente. Durante o reinado da dinastia de Premyslid, o Estado checo desenvolveu-se e reforçou-se, conseguindo preservar a sua soberania de facto, apesar de relações formais de vassalagem ao Sacro Império Romano. Em 935 morreu o Príncipe Venceslau (Václav), o santo patrono da Boémia. Em 1085, Vladislau (Vratislav) torna-se o primeiro príncipe boémio a quem é atribuído o direito de usar um título de rei, enquanto recompensa pelo apoio que deu ao imperador Henrique IV durante a sua luta contra o papa Gregório VII. Em 1212 é publicada a Bula de Ouro da Sicília, um decreto que proclama o reino da Boémia e torna os príncipes da Boémia reis hereditários: Ottokar I, da dinastia de Premysl, é nomeado rei. A Bula declara igualmente a indivisibilidade do reino da Boémia e regula as suas relações com o Sacro Império Romano. A Boémia torna-se então um dos mais importantes Estados no âmbito do Império.

O reinado da dinastia Luxemburgo começou quando João do Luxemburgo (1310-1346) foi eleito Rei da Boémia, em 1310. Os reis Luxemburgos foram acrescentando territórios ao seu reino, que ficou conhecido como Terras da Coroa da Boémia, um termo oficialmente consagrado por decreto de Carlos IV em 1348. Estas Terras da Coroa abrangiam o reino da Boémia e os chamados territórios adjacentes - o margraviado da Morávia, os principados da Silésia, a Alta Lusácia e, a partir de1368, também a Baixa Lusácia. O reino da Boémia alcançou o auge do seu poder e prestígio durante o reinado de Carlos IV (1346-1378), o segundo Luxemburgo no trono da Boémia: Em 1344, é fundado o Arcebispado de Praga. Carlos IV, que instituiu a Universidade Carlos em 1348 – a primeira universidade a Norte dos Alpes, foi coroado Imperador do Sacro Império Romano em Roma, em 1355.

O herdeiro da coroa da Boémia, Segismundo, imperador do Sacro Império Romano, tentou derrotar a revolução pela força, mas os hussitas derrotaram as suas cinco cruzadas consecutivas nos anos de 1420-1431. Só em 1434, quando a coligação de moderados derrotou os radicais, abrindo o caminho para um acordo temporário entre a Boémia hussita e a Europa católica. Este acordo, os Pactos de Basileia, foi proclamado em 1436, confirmando a denominação hussita, o que veio mais tarde a ser comparado à Reforma do século XVI. O movimento hussita alterou consideravelmente as estruturas da sociedade, criando pela primeira vez um dualismo religioso na Europa cristã. A nação checa e a cultura checa ganharam renome nesta época.

Durante o reinado de Vladislau e do seu filho Luís, o poder dos Estados continuou a crescer, em detrimento do poder real. Os conflitos prosseguiram, quer entre as cidades reais e os nobres, quer as lutas religiosas entre a Igreja Hussita e a Igreja Católica, então minoritária, que aspirava recuperar o seu antigo poder.

Os Habsburgos da Áustria sucederam no trono da Boémia à dinastia de Jagellon em 1526, por extinção da linha dinástica. O reinado dos Habsburgos trouxe a reintrodução da religião católica romana e da centralização, concomitantemente com a construção dum império multinacional. Os Habsburgos absorveram as Terras da Coroa da Boémia na sua monarquia, passando estas a ser parte integrante do império dos Habsburgos até 1918. Quando Rodolfo II (1576-1611), durante o seu reinado, abandonou Viena para se instalar em Praga, a capital da Boémia tornou-se um centro importante da cultura europeia. Os Estados checos forçaram Rodolfo II a emitir um decreto — a chamada "Carta de Majestade" – que proclama a liberdade religiosa. Os imperadores Matias e Fernando tentaram limitar esta liberdade, mas os seus esforços só conseguiram desencadear uma guerra civil entre os Estados e o imperador católico, que mais tarde se espalhou pela Europa sob o nome de Guerra dos Trinta Anos. Os checos elegeram então um rei independente. Os Estados foram derrotados em 1620 na batalha da Montanha Branca, o que levou a que o reino da Boémia tenha perdido a sua independência nos 300 anos seguintes. O período da Guerra dos Trinta Anos trouxe desordens políticas e a devastação económica da Boémia, com graves consequências a longo prazo para o futuro desenvolvimento do país. O povo da Boémia viu-se forçado a aceitar a fé católica ou a emigrar. O trono da Boémia passou a fazer parte da monarquia hereditária dos Habsburgos e os serviços mais importantes foram transferidos permanentemente para Viena. O período posterior à Guerra dos Trinta Anos assiste ao enraizamento profundo da cultura barroca. O barroco checo influenciou durante séculos a arquitectura das cidades e aldeias checas.

Embora o movimento de renascimento nacional checo apenas aspirasse inicialmente reavivar a língua e a cultura checas, rapidamente evoluiu para ambições de emancipação politica. No ano revolucionário de 1848, os políticos checos formularam as primeiras propostas politicas coerentes com vista a reconstruir o império enquanto Estado federal. Estes anseios de emancipação nacional foram também sustentados pela rápida industrialização da Boémia, que fez deste país o mais desenvolvido do império na segunda metade do século XIX.

Nos anos da 1ª Guerra Mundial, a derrota da Áustria-Hungria abriu o caminho para a fundação dum Estado independente dos checos e eslovacos (28.10.1918). A República da Checoslováquia figurou entre os dez países mais desenvolvidos do mundo. Este período de vinte anos de democracia e prosperidade foi terminado com a agressão da Alemanha de Hitler. A conferência de Munique e subsequente ocupação alemã em Março de 1939 puseram termo à existência do Estado checo independente.

Após a 2ª Guerra Mundial, a república restaurada foi integrada na esfera de poder dos soviéticos. Um curto período de democracia "limitada" foi terminado devido à tomada do poder pelo Parido Comunista em Fevereiro de 1948. Foram expropriadas todas as propriedades privadas e foram suprimidos os direitos políticos e humanos. A tentativa para alterar e humanizar o regime comunista e para enfraquecer as ligações à União Soviética foi interrompida quando o exército soviético invadiu o país em Agosto de 1968.

A decadência gradual do regime comunista e do império soviético, bem como os protestos e manifestações de massa do povo checoslovaco, culminaram com o derrube do regime comunista em Novembro de 1989. O novo regime foi confirmado com a eleição de Václav Havel para o cargo de Presidente da República.

Em 1 de Janeiro de 1993, o Estado checoslovaco foi dividido pacificamente e foram fundadas República Checa e a República Eslovaca. Václav Havel foi o primeiro presidente da República Checa. Nos anos subsequentes, a República Checa aderiu à Organização de Cooperação e Desenvolvimento Económico (OCDE) em 1994, assinou o acordo de associação com a União Europeia em 1995 e aderiu à NATO em 1999. Os checos concluíram com sucesso a transformação do anterior sistema estatal centralizado numa democracia parlamentar e numa economia de mercado.